《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。

尼娜（伊丽莎·库斯伯特 Elisha Cuthbert饰）青春貌美，是学校的啦啦队队长。如此明媚的女生，却有着不为人知的隐秘。以此她心里有着浮浮沉沉的挣扎。尼娜的父母从教会处领养了一名美丽的聋哑少女道格（卡米拉·贝勒 Camilla Belle饰）。她幼年丧母，从此不会说话，陷入一片沉默的世界。正因为如此，人人都把这个不会泄密的女孩当作倾说秘密的对象，道格知道了很多人的秘密。但道格本身更为惊人的秘密，却从没有为他人所晓。而且，她将会被尼娜的秘密卷入更深的漩涡…

　　战争阴影还没消散的欧洲，翻译家、知识分子Ester（英格里德•图林）与妹妹Anna（冈内尔•林德布洛姆）以及Anna的儿子Johan一起坐火车回瑞典。途中，患有晚期肺病的Ester发病，三人于一个言语不通的小城下车，住进一家老宾馆。 　　Ester有意无意间总想偷窥Anna的生活，想对她表示好感却无从下手，而Anna一心认为Ester是她的束缚。某晚，Anna外出结识一名酒保，返回宾馆后将幻想中的性爱的过程和刺激描述给Ester听，引起对方的激烈反应，随后，她与酒保在Ester眼皮底下做爱，终引起Ester爆发，多年来深藏在两人心中的、夹杂着嫉恨与冲突的往事被重提。