拥有幸福美满生活的大兵福德·布罗迪内心隐藏着一个挥之不去的阴影。15年前，他和父亲乔伊、母亲桑德拉生活在日本。父母供职于一座大型核电站。就在福德的爸爸生日当天，一场突如其来的灾难摧毁了核电站，他的母亲在灾难中丧生，语焉不详的政府隐瞒真相，以防止核辐射的名义封锁了该地区。但是乔伊却从种种异状觉察到反常之处，十五年来他一直试图揭开当天的灾难之谜，终于发现这一切都是由一只如山一般巨大的怪兽所引起。怪兽哥斯拉从沉睡中苏醒，令人难以预测的灾难席卷而来……

　　一只受到核爆试验影响而变巨大的突变蜥蜴攻击了日本的渔船，被日本船员称为“酷斯拉”，随后它在纽约市登陆准备产卵生育后代，和军队大战后，军方以为已经将它消灭，此时它在麦迪逊广场产下的数百颗蛋开始孵化，主角等人发现后告诉军方，军方派出F-18“大黄蜂”式战斗攻击机将之轰炸殆尽，突然酷斯拉从地下钻出并发现后代被炸死，愤怒地紧追主角们不放，最后被困在布鲁克林桥，然后被F/A-18的导弹击毙。不料怪物的巢穴中还残留着一颗蛋，它会给今后的人类带来什么命运……

　　二战结束后不久，日本南海惊现离奇事件，打捞船荣子丸在平静的海面上突然遇难，幸存者寥寥，前去搜救的宾果丸也一去不返。不久，南海附近的岛屿大户岛遭受到恐怖的袭击，岛上的老人声称这便是传说中的怪兽哥斯拉作怪。古生物专家山根京平教授受命前往调查，根据现场遗留的痕迹断定，这个怪物是200万年前侏罗纪时代存活下来的恐龙，并且在原子弹辐射的影响下，化身为更具破坏力的恐怖怪兽。该论断一经公布，便在日本国内引起轩然大波。政客和军队纷纷行动，意欲置哥斯拉于死地。而哥斯拉也闯入东京，进行一场毁灭性的破坏。人类的命运悬于一线……